Los proyectos de Napoleón en relación a España y el avance lento pero inexorable de su ejército en dirección a Madrid, en marzo de 1808, provocó una crisis dentro de la monarquía absoluta. El emperador siguió manteniendo en secreto sus planes. Nadie, ni siquiera el mariscal Murat, su cuñado y teniente general en España, sabía las voluntades de Napoleón. Incluso más tarde, sólo un español se dio cuenta de la verdadera magnitud del peligro que se amenazaba: Manuel Godoy.
Para regocijo popular, el favorito de la pareja real había sufrido un revés en el otoño anterior por el heredero al trono, Fernando, cuya popularidad como consecuencia, había aumentado de forma espectacular. Una carta anónima dirigida al Rey, probablemente escrita por Godoy o alguno de sus secuaces, llevó a Carlos IV a buscar en las habitaciones de su hijo, donde encontró documentos incriminatorios. El 30 de octubre de 1807, el rey proclamó oficialmente la nación que Fernando había conspirado para usurpar el trono, que estaba bajo arresto domiciliario, y que un número de conspiradores había sido encarcelado.
De hecho, la conspiración del heredero de la corona, que entonces tenía 25 años, era una conspiración para deshacerse de Godoy. El odio que sentía Fernando por Godoy se remontaba a su adolescencia. Lo que no es de extrañar, pues vio como el supuesto amante de su madre ascendía puestos en el poder y en los grados de la nobleza hasta convertirse en Príncipe, título reservado casi exclusivamente para el heredero al trono. Y a pesar de que no hubiera percibido la situación, su anterior sacerdote preceptor, Juan Escoiquiz, un criado intrigante, astuto y sin escrúpulos, había dado a entender a él los peligros que le esperaban. Pero probablemente no era necesario: Fernando era demasiado sospechoso en la naturaleza, cobarde, amargo y poco dado al perdón, para requerir lecciones de venganza. Su propia madre lo consideraba taimado y pusilánime, y para su primera suegra, la reina Carolina de Nápoles, era un marido tonto, ocioso, mentiroso, degradado y socavado. Entre 1804 y 1806, había financiado una serie de calumnias acompañadas de versos lascivos que representan a Godoy y su madre, y que fueron repartidos entre la aristocracia y sus parásitos. Incluso el clero y los nobles habían contribuido versos satíricos (a veces en latín), y muchas veces ordinarios, para esta campaña en contra de Godoy.
Fernando temía que la reina y Godoy estuvieran planeando para negarle el trono tras la muerte de su padre, que recientemente parecía inminente; se encontraron en la corte e incluso los rumores de que Godoy podría ser nombrado regente. Por su parte, Godoy tuvo miedo, y con razón, que cuando Fernando accedió al trono le robaría su poder supremo.
Si el tema se hubiera mantenido en este nivel personal e interno, no hubiera pasado nada. Sin embargo, debido a una facción contra Godoy, hubo un favoritismo por Fernando. El partido fernandista estaba a favor de la restauración de la importancia de la nobleza en el gobierno del país, que los Borbones habían eliminado. En relación con los asuntos exteriores, era puramente oportunista, oscilando en el apoyo de Inglaterra o Francia para oponerse a las predilecciones de Godoy en cada momento. Así, durante la pasajera atracción del favorito por la alianza anti-napoleónica en 1806, los fernandistas optaron por Napoleón, y, por tanto, por el matrimonio del viudo Fernando con una princesa Bonaparte. Tratando de lograr este propósito, Fernando escribió una carta servil a Napoleón en octubre de 1807, que criticó abiertamente la actitud del Gobierno español en relación con el Emperador. En esas fechas, tanto Godoy como los fernandistas cortejaron al Emperador.
Entre los papeles incautados en las cámaras de Fernando, había un decreto, con la fecha en blanco, nombrando a uno de su partido, el duque del Infantado, Grande de España, Capitán General de Castilla y el comandante de las fuerzas para derrotar a Godoy en el caso de que el rey muriera. También hubo una larga carta escrita por Fernando y dirigida a su padre en el que declaró que este es el hombre malo que ha despreciado todo el debido respeto, aspira a despojarlo del trono y poner fin a todos ellos. Asimismo, atacó a la moral del favorito, acusándole de bigamia, y hacía hincapié en los temores del rey sobre la Revolución Francesa. La carta, escrita por su antiguo tutor, Escóiquiz, es copiada a mano de Fernando.
En aquellos días, la oposición a Godoy era prácticamente universal. Aparte de los fernandistas y la nobleza de la Corte, se unieron a ellos los oligarcas regionales, quienes se molestaron por los intentos de Godoy para aumentar el control central de sus gastos; el clero, que se opuso a la venta de bienes de la Iglesia; los comerciantes y fabricantes, que se vieron en la ruina a causa de su política exterior; los sectores de profesionales, que habían experimentado la designación arbitraria de miembros de su familia; los sectores ilustrados que abominaban el despotismo; y las clases inferiores en general, que sufrieron caída de los salarios y aumento de los precios, y se sorprendieron por el relajamiento moral de Godoy.
Una semana después de su detención, Fernando hizo una confesión completa, denunciando a todos sus cómplices y admitió haber tenido correspondencia directa con Napoleón y el embajador de Francia. Después de confesar, escribió una carta muy sentida a su padre, pidiéndole perdón, la cual fue concedida. Su arrepentimiento, fue demostrado por su denuncia de los otros conspiradores que habían sido detenidos.
La conspiración de Godoy se había vuelto contra él. A pesar de estar disgustado porque Napoleón había salido a la luz sus intrigas con Fernando, todo el país creía que el heredero al trono ya gozaba de la protección del Emperador y, en consecuencia, vio la popularidad de aquel se vio incrementad. Sin embargo, Carlos IV por su parte, trataba de obtener el favor de Napoleón, que se encontraba en árbitro del pleito familiar y, por extensión, del destino de España.
Con posteridad, muchos españoles acabaron viendo el proceso de El Escorial, llamado así por el nombre del palacio donde la familia real vivía en aquellos tiempos, el desencadenamiento de la guerra napoleónica.