El Tribunal de la Iglesia católica fue fundado en el siglo XIII para perseguir, juzgar y sancionar a los acusados de herejía. La Inquisición fue instituida por el Papa Gregorio IX (1148-1241) en su Excommunicamus, publicado en 1231. Las herejías son doctrinas o prácticas contrarias a lo que se define como una cuestión de fe. En los primeros días de la Iglesia fueron castigados con la excomunión. En el siglo IV cuando el cristianismo se convirtió en la religión oficial del Imperio Romano, los herejes comenzaron a ser perseguidos como enemigos del estado.
En Europa entre los siglos XI y XV, las herejías son generadas principalmente por el desarrollo cultural, acompañado de prosperidad económica y el crecimiento urbano. Las reflexiones filosóficas y teológicas de la época producen conocimiento que contradice la visión del mundo defendida hasta ahora por el poder eclesiástico. Además, hay movimientos cristianos, como los cátaros en Albi, y de los valdenses en Lyon en el sur de Francia, que predican un retorno a los orígenes del cristianismo, la defensa de la necesidad de la Iglesia a abandonar sus riquezas. En respuesta a estas herejías, millares de albigenses son eliminados por los ejércitos papales, entre los años 1208 y 1229.
La Inquisición se creó dos años después. La responsabilidad pasa de los obispos a los inquisidores sobre la directa jurisdicción del Papa y se establecen castigos severos. Las sanciones pueden ir desde la obligación de hacer una retractación pública o una peregrinación a un santuario dedicado a la confiscación de los bienes y el encarcelamiento en la cárcel. Una pena más grave es la prisión perpetua, pero las autoridades civiles automáticamente lo convierten en ejecución pública en la hoguera o en la horca. Los herejes no pueden recurrir al derecho de asilo y, en general, dos testigos son prueba suficiente de culpabilidad.
En 1252, el Papa Inocencio IV aprobó el uso de la tortura como método para obtener confesiones de los sospechosos. Las condenas de los culpables se leen en una ceremonia pública al final del procedimiento. Se llamaban auto de fe. En los siglos XIV y XV, los tribunales de la Inquisición disminuyeron su actividad y se recreaban en la forma de una Congregación de la Inquisición contra los movimientos de Reforma y en contra de las “herejías” filosóficas y científicas salidas del Renacimiento.
Las víctimas notorias de la hoguera durante la Inquisición son la heroína francesa Juana de Arco (1412-1431), ejecutado por declararse una mensajero de Dios y el uso de ropa de hombre, y el italiano Giordano Bruno (1548? -1600), considerado el padre de la filosofía moderna, declarado culpable por las concepciones intelectuales contrarias a las aceptadas por la Iglesia. La inquisición se volvió aún más violentas durante el año 1478, en España, bajo petición de los reyes católicos Fernando e Isabel, contra los judíos y musulmanes que son convertidos por la fuerza al catolicismo.
