Los hongos participan en el proceso de fermentación debido a su respiración. Todas las células existentes en los hongos ejecutan una respiración, consumiendo glucosa y oxígeno para formar gas carbónico y agua. Ese proceso es llamado de Ciclo de Krebs.
Los hongos son organismos responsables de la degradación de materia orgánica, siendo así, existen especies que acaban colonizando el pan formando el famoso color oscuro. En el caso de las bebidas alcohólicas, los hongos se emplean en el proceso de fermentación para degradar al medio en que están y formar alcohol como producto de la reacción que se comercializará.
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