Frente a la relevancia que Platón dio a las matemáticas, la filosofía de Aristóteles enfatizó en la biología, quizá debido a la influencia que sobre él ejerció la profesión de su padre. Para Aristóteles, el mundo estaba formado por individuos (sustancias) que se presentaban en tipos naturales fijos (especies). Cada individuo cuenta con un patrón innato específico de desarrollo y tiende en su crecimiento hacia la debida autorrealización como ejemplo de su clase. El crecimiento, la finalidad y la dirección son, pues, aspectos innatos a la naturaleza, y aunque la ciencia estudia los tipos generales, éstos, conforme Aristóteles, encuentran su vida en individuos específicos. La ciencia y la filosofía deben, por consiguiente, no limitarse a escoger entre opciones de una u otra naturaleza, sino equilibrar las aseveraciones del empirismo (observación y experiencia sensorial) y el formalismo (deducción racional).
Una de las aportaciones características de la filosofía de Aristóteles fue la nueva noción de causalidad. Los primeros pensadores griegos habían tendido a asumir que sólo un exclusivo tipo de desencadenante podía ser explicativo; Aristóteles sugirió cuatro. (El término que usa Aristóteles, aition, ‘factor, responsable y explicatorio’, no es sinónimo de desencadenante en el sentido moderno que tiene esta palabra.
Estas cuatro causas son: la razón material (materia de la que está compuesta una cosa), la razón eficiente o motriz (fuente de movimiento, descendencia o cambio), la razón formal (la especie, el tipo o la clase) y la razón final (propósito o pleno desarrollo de un individuo, o la función organizada de una construcción o de un invento). De este modo pues, un león joven está formado de tejidos y órganos, lo que constituiría la razón material; la razón motriz o eficiente serían sus padres, que lo desarrollaron; la razón formal es su especie (león); la razón final es su impulso innato por transformarse en un ejemplar maduro de su especie. En entornos diferentes, las mismas cuatro causas se aplican de manera análoga. De este modo, la razón material de una estatua es el mármol en que se ha esculpido; la razón eficiente, el escultor; la razón formal, la forma que el escultor ha dado a la estatua (Hermes o Afrodita, por ejemplo); y la razón final, su función (ser una obra de arte).
En todos los entornos, Aristóteles insiste en que algo puede comprenderse mejor en el momento en que se expresan sus causas en términos específicos y no en términos generales. Por este motivo, se recibe más información si se conoce que un escultor desarrolló la estatua que si apenas se sabe que la esculpió un artista, y se obtendrá aún más información si se sabe que fue Policleto el que la cinceló, que si tan sólo se conoce que fue un escultor no señalado.
Aristóteles creía que su noción de las causas era la clave ideal para organizar el conocimiento. Sus notas de clases son una impresionante prueba de la energía de dicho esquema.
