En las últimas décadas del siglo XIII la Iglesia era una institución religiosa fuertemente consolidada en el continente europeo. El apoyo del Estado y su condición de formación de la élite intelectual de la época asegura una gran fuerza entre los distintos segmentos de la sociedad en vigor. Sin embargo, vemos que en el mismo período hubo interrupciones a gran escala de inclinaciones teológicas que perturbaron la hegemonía cristiana en estos tiempos. Con diferente naturaleza, los movimientos heréticos parecían ofrecer un modelo de fe y devoción religiosa que escaparon a las esferas del control de la misma iglesia. Peor aún: cuestionaron los dogmas religiosos, planteando nuevos debates.
Fue precisamente por medio de esta situación que, ya en 1219, una cofradía de origen dominicano estableció la creación de la llamada milicia de Jesucristo. Con el fin de defender la pureza del catolicismo, los miembros de ese grupo llevaron a cabo la matanza de comunidades enteras a lo largo de la época medieval. A pesar de la importancia de este primer momento, como un paso inicial en el desarrollo de la Inquisición, vemos que alcanzó su apogeo en los miembros de siglos de la edad moderna. Durante este período, la persecución de los judíos y el surgimiento de las religiones protestantes sirvieron como incentivo para que el denominado Tribunal del Santo Oficio (o Inquisición española) fuese creado con el objetivo de buscar diversas regiones en busca de los delincuentes que representaran algún tipo de amenaza al status quo de la hegemonía cristiana. En estas situaciones, el Tribunal contó a su favor con la fuerza de las autoridades locales que cedían militares e instalaciones donde pudiesen realizar sus procesos de investigación. Al mismo tiempo, debemos destacar la posibilidad de delatar a otros de manera anónima como otro importante artificio capaz de indicar a las personas que fuesen sospechosas de adoptar alguna práctica en contra de la naturaleza cristiana. Muchas veces, las acusaciones eran tomadas como verdad, sin que antes para eso, hubiese presentación de pruebas.
Incluso cuando no llegaron a ser muertos en una hoguera, el simple hecho de una persona haber pasado por un proceso inquisitorio determinó un enorme desprestigio. No rara vez, un acusado podría tener toda su vida perdida por un simple rumor o una falsa acusación; sus posesiones confiscadas, sus derechos políticos e incluso sus relaciones forzaron a cambiar de ciudad a estas personas. Generalmente, las acusaciones hechas por la Inquisición sucedían envolviendo crímenes de atentado contra los preceptos morales de la época o contra los dogmas instituidos por la Iglesia. El pensamiento y la cultura también quedaron al amparo del criterio secular.
La realización de torturas sucedía como un medio de obtener una confesión. Bajo este aspecto, es importante mencionar que el uso del castigo físico fue anterior a la propia Inquisición y que ese sistema supuso un sentido religioso.
La condena del cuerpo era considerada una forma de purificación necesaria para el acusado poder reconocer sus crímenes y para liberarse de las fuerzas malignas instigaron la piel y carne humana. Por lo tanto, no podemos determinar el sadismo o perversidad como las dos explicaciones para la tortura en la época. La quema en la hoguera fue uno de los más importantes rituales del poder atroz ejercido por el Tribunal de la Inquisición. Antes de morir, si reconocían sus pecados, el acusado sufría ahogamientos antes de tener su cuerpo carbonizado. Sin embargo, si reafirmaba su inocencia, el condenado moría quemado vivo. Los autos de fe eran celebraciones donde generalmente tales penas eran aplicadas y las publicaciones consideradas prohibidas también eran consumidas por las llamas.
Sólo en el siglo XVIII, el movimiento de la Inquisición comenzó a perder terreno al ser prohibida su actuación en varias partes del continente europeo. Todavía así, la Iglesia mantenía órganos de vigilancia que podrían castigar a los herejes o incumplidores de la fe cristiana con penas más leves, como la excomunión o el desprestigio. De hecho, el desarrollo de la Inquisición nos revela un episodio marcado por la problemática de la intolerancia religiosa durante este periodo.
