No es infrecuente asociar las bacterias a las enfermedades que pueden provocar, tales como la tuberculosis, o incluso forúnculos. Sin embargo, muchos de estos organismos desempeñan funciones muy importantes para el medio ambiente y la vida humana.
Bacterias saprófitas, por ejemplo, al alimentarse de la materia orgánica sin vida, la transforman en compuestos orgánicos más simples, que serán incorporados en otros niveles tróficos de la cadena alimentaria. Así, junto con otros descomponedores, como los hongos, ejercen un papel de extrema importancia para el mantenimiento de la vida en la Tierra. Otras bacterias, todavía, son capaces de fijar nitrógeno, fertilizando el suelo y proveyendo compuestos nitrogenados a diversas plantas.
Individuos fermentadores son aquellos que degradan parcialmente moléculas orgánicas ricas en energía, pudiendo resultar en diversos productos, dependiendo de la sustancia y del microorganismo que desempeña tal función. El alcohol etílico y el ácido láctico pueden ser resultantes de este proceso; y de esos son fabricadas bebidas, por bacterias del género Acetobacter; y cuajadas y yogures, por los géneros Lactobacillus y Streptococcus. Otras especies fermentadoras todavía pueden vivir de forma armoniosa con nuestro cuerpo, controlando la población de otros microorganismos, incluso los patogénicos.
Con respecto a la biotecnología, los genes bacterianos son uno de los más ampliamente utilizados en el desarrollo de organismos transgénicos; debido a que algunas especies, como los del género Agrobacterium, ayudan en el transporte de los nuevos genes al genoma del individuo a ser modificado. En la industria, estos seres vivos son utilizados para la fabricación de antibióticos y sustancias, como la acetona y el ácido glutámico.
Dichos organismos también pueden ayudar en la limpieza de sustancias nocivas para el medio ambiente, tales como los pesticidas e incluso petróleo y sustancias radiactivas. Estaciones de tratamiento de aguas residuales utilizan ampliamente bacterias anaeróbicas para la conversión de la materia orgánica en productos que pueden ser utilizados, después del debido tratamiento, como fertilizantes; y, en un estadio próximo, las aeróbicas se encargan de degradar las partículas menores de la parte líquida de la alcantarilla, permitiendo que el agua resultante sea debidamente tratada y devuelta a los ríos y océanos.
