Las raíces del presbiterianismo pueden continuarse hasta referirse a la teología de Juan Calvino (1509-1564), el jefe de la Reforma protestante (movimiento religioso) en Ginebra. Calvino pretendía fijar una Iglesia gobernada por el principio del Nuevo Testamento que conversa del ejercicio del anciano. Pero, al final, Calvino y los primeros teólogos reformadores no insistieron en que el presbiterianismo fuera la única forma de gobierno eclesiástico apoyada por la Biblia. Esto ha permitido algunas variaciones dentro de la forma de gobierno eclesiástico calvinista y ha favorecido la tolerancia hacia políticas diferentes de otras confesiones. Por ejemplo, numerosas iglesias congregacionalistas y baptistas se juzgan calvinistas en el ámbito teológico sin embargo no son presbiterianas.
Desde sus comienzos, la tradición reformada fue la más internacional de todas las ramas del protestantismo. Se extendió con rapidez desde Ginebra hacia Francia, Alemania y Holanda, y desde allí hasta Europa del Este, las islas Británicas y Norteamérica. Cuando los calvinistas organizaron iglesias presbiterianas en la Europa continental las llamaron reformadas; en las islas Británicas y en Norteamérica se llamaron presbiterianas.
Hasta el siglo XIX, las mayores fuerzas del presbiterianismo se encontraban en Gran Bretaña, Holanda y América del Norte; sin embargo con la rápida expansión de la actividad misionera a partir de 1800 se establecieron iglesias presbiterianas o reformadas en todos los continentes. Hoy, los miembros anglófonos de la Iglesia presbiteriana reformada componen una minoría y existen relevantes congregaciones en Asia, África, Latinoamérica y otras regiones del globo.
