Las aguas subterráneas, los ríos, lagos y mares son el destino final de todo contaminante soluble lanzado en el aire y en el suelo.
La contaminación del agua ha causado serios problemas ecológicos. La mayor responsabilidad por la devastación de la fauna y por la deterioración del agua en esas vías fluviales corresponde a las industrias químicas instaladas en sus márgenes.
Los residuos fecales constituyen los principales contaminantes presentes en las aguas residuales domésticos. Ellos contienen principalmente restos orgánicos y bacterias. Estos contaminantes causan disturbios intestinales, diarrea e intoxicaciones.
La gran acumulación de restos orgánicos facilita la proliferación de bacterias aerobias, que son consumidoras de oxígeno. Con el consumo de oxígeno, se desarrollan las bacterias anaerobias, productos de los gases de putrefacción, responsables por el olor del agua, y tóxicas para los seres vivos. Así, la vida acuática se extingue.
Los fertilizantes utilizados en la agricultura, cuando son arrastrados por el agua de la lluvia, pueden contaminar ríos y lagos. El nitrato y el fosfato, principalmente, favorecen una proliferación exagerada de algas, que pueden cubrir totalmente la superficie del agua. Ese proceso limita e inhibe el desarrollo de otros organismos.
Los plaguicidas utilizados en la agricultura son a menudo tóxicos. Los organismos acuáticos, desde formas de vida microscópicas hasta formas más grandes, se ven afectados por los insecticidas. Los que no mueren acumulan tales materiales; cuando son comidos por otros, el efecto tóxico es transferido a organismos mayores. Peces, aves y mamíferos sufren los efectos tóxicos de los insecticidas. En el hombre, la intoxicación produce dolores de cabeza, diarrea, sudores, vómitos, dificultades respiratorias, shock y muerte.
Los detergentes impiden la sedimentación y deposición de sedimentos y, como reducen la tensión superficial, permiten la formación de espuma en la superficie de agua. Tal hecho impide el desarrollo de la vida acuática.
Ácidos, especialmente el sulfúrico y el nítrico, acidifican el agua de ríos y lagos, afectando a toda la vida acuática. Llegan a los ríos y lagos con la lluvia ácida, como consecuencia de la contaminación atmosférica por dióxido de azufre y óxidos de nitrógeno.
Los metales pesados, especialmente plomo, mercurio y cadmio, cuando se ingieren con agua causando problemas similares a cuando son inhalados. El mercurio, sin embargo, llega a ser más tóxico en el agua, ya que se convierte en dimetilmercurio ((CH3)2Hg) y es más fácilmente asimilable quedando depositado en los tejidos adiposos de los animales. Tiene, por tanto, efecto acumulativo a lo largo de la cadena alimentaria.
