En la Edad Media, la ciencia contable europea sufrió un retroceso. La caída del Imperio Romano de Occidente y la invasión bárbara germana llevó a la drástica reducción del comercio en el continente debido a la inseguridad generalizada y la desorganización de las actividades productivas. Hubo una decadencia cultural debido al bajo valor dado por la cultura libresca por los invasores. La alfabetización se limitaba a los monasterios. A medida que la población se convirtió en su mayor parte analfabeta, el comercio fue prácticamente inexistente pues no había medio ni razón de efectuar la contabilidad. En consecuencia por esta situación se produjo una interrupción en la evolución de la ciencia contable.
En el continente americano, sin embargo, la civilización inca desarrollo en ese mismo periodo un original sistema de contabilidad: los quipus. Este sistema, traducido del quechua como nudo, eran cordones de lana de alpaca o de algodón que servían para registrar cantidades útiles para la administración del Imperio Inca. El sistema numérico utilizado era el decimal, siendo el nudo, según su localización, una unidad, una décima, una centena o un millar. El color de los cordones significaba un ítem estandarizado: si el cordón era amarillo, por ejemplo, representaba maíz. Dado que el número de colores podía ser menor que el número de ítems patrimoniales, cada color podía representar diferentes ítems según la situación. Dada las complejidades en la lectura de los quipos, existía un tipo de funcionario especializado en su lectura, el guardián del quipo (en quechua: quipucamayuc). Vale notar que para cada tipo de uso de quipu (militar, económico, estadístico, religioso…) existía un tipo de guardián de quipo. Se puede decir que cada guardián de quipo era especializado en un determinado ramo de la contabilidad. Así existían guardianes de quipo militares, económicos, estadísticos, etc.
A finales de la Edad Media, el Renacimiento se produjo el renacimiento comercial y urbano de Europa debido al fin de las invasiones bárbaras. Eso generó la necesidad del desarrollo de una ciencia contable como manera de controlar el flujo comercial en expansión. Esa necesidad fue particularmente sentida en las ciudades del norte de Italia (Génova, Venecia y Florencia), que desarrollaron, de manera independiente unas de otras, sistemas contables utilizando partidas doble, es decir, registros de operaciones mercantiles mostrando el origen y la aplicación de los recursos.
