La palabra “herejía” proviene de la hairesis expresión griega que significa “elección”. Así que elegir una posición diferente de la llevada a cabo por una doctrina oficial, negando sus principios fundamentales, es una herejía. El cristianismo ha sido, a su vez, considerado una herejía en el momento en que dominaban los cultos religiosos romanos, que profesaban el paganismo pero más tarde se impuso como oficial por el Gobierno de Roma.
Dentro de la religión cristiana, todo rechazo de los supuestos principios revelados por los Evangelios, convertidos en verdades innegables, es visto como herético. Por ejemplo, si se ponían en duda temas como la virginidad de María o la existencia del Espíritu Santo, tomados como dogma por la Iglesia Romana, se corría el riesgo de ser un hereje. Pero debemos entender que el catolicismo no sólo ha acusado a los opositores de los dogmas, sino a cualquier religión cristiana cuyos postulados se oponen a lo políticamente establecido como verdad.
Las herejías aparecían en una atmósfera de malestar e inquietud espiritual, contexto idóneo para las preguntas, críticas y el nacimiento de los nuevos conceptos. Desde el ángulo católico, de acuerdo con su Derecho Canónico, aquellos que fueron bautizados en el seno de la Iglesia y pasan a rechazar los axiomas que ella defiende como revelaciones divinas, son interpretados como herejes. Estos son distintos de los cismáticos (grupo de creyentes que se niega a aceptar el poder papal), aunque se confundan de cierta manera con ellos, pues la no aceptación de la autoridad del jefe de la Iglesia define por sí misma una herejía.
En el cristianismo siempre ha habido un fuerte deseo de mantener la unidad, pero en realidad incluso durante la persecución de los cristianos no existían tal uniformidad. Había grupos ya diferían en la interpretación de los preceptos de la herencia de Jesús y también sobre las reglas que deben regir la estructura de su iglesia, que debería reunir a todos los creyentes a su alrededor y la figura del apóstol Pedro, el primer Papa. Varias asociaciones en Roma, en el Oriente y África del Norte, bajo el poder de las filosofías espirituales, tales como el helenismo, el zoroastrismo y otras creencias, deseaban moldear el Cristianismo a su manera, como una especie de sincretismo religioso precoz. Entre ellos, la gnosis establecida por Marción de Sinope, considerado el primer crítico de la Biblia; el Donatismo; el Nestorianismo, Pablo de Samósata, y otros.
La Iglesia respondió rápidamente a estas herejías, siempre tratando de luchar contra ellos con los medios disponibles, ya sea a través de la publicación de los textos oficiales, como los de Tertuliano e Ireneo, o a través de los consejos de Nicea- integrados por el emperador Constantino para tratar de resolver las controversias sobre la naturaleza de Jesús – humano o divino, hombre o Dios. Por lo tanto, el dogma comenzó a ser introducido desde el año 325, cuando se añade a otros renovado por nuevos Consejos. La primera persona en ser condenada y ejecutada por hereje fue el sacerdote español Prisciliano de Ávila, en el año 385 a quien se le negó la plena divinidad de Jesús.
Esta discusión sobre la verdadera naturaleza del Mesías fue la que provocó desacuerdos importantes sobre la historia y aún hoy este tema es muy debatido por los teólogos y expertos religiosos de diferentes religiones cristianas. Humana o divina, la mezcla de ambos, el predominio de uno u otro, son los puntos de duda, al lado del otro con el dogma de la Trinidad – un solo Dios en tres Personas, Padre, Hijo y Espíritu Santo-. Es decir, se trata de una intrincada tesis teológica que condenó a muchos de los que trató de oponerse a ella, especialmente cuando ponen en peligro la unidad del catolicismo.
Cuando alguien reprochaba a la Iglesia, era inmediatamente excomulgado. Si uno mantenía esta condición por más de un año, entonces era calificado como un hereje, y procesado por este crimen por lo general entregados a la justicia a los hombres. Todos los procedimientos fueron registrados a través del tiempo en los documentos de la Iglesia, sobre todo después de la creación del Santo Oficio, establecido por el Consejo de Verona, bajo el Papa Gregorio IX en el contexto de la Contrarreforma. Al principio se creó con el único fin de asegurar la aplicación de las leyes y dogmas cristianos y no para ejecutar a personas. Pero cuanto más la Iglesia se sentía amenazada, mayores fueron las competencias atribuidas a dicha institución, que han perseguido, condenado y eliminado a aquellos que eran considerados herejes. La Inquisición y las Cruzadas eran parte de estos movimientos donde los caballeros cristianos armados defendían, supuestamente, la religión de la dominación de los infieles.