Las actividades intelectuales durante la dinastía Song (960-1279) dieron origen a un nuevo método de pensamiento confuciano inspirado en una mezcla de elementos budistas y taoístas; la nueva escuela de confucianismo fue conocida como neoconfucianismo. Los eruditos que realizaron este método intelectual conocían bien las otras dos filosofías. Ante todo docentes de ética dedicaron del mismo modo su interés a las teorías sobre el cosmos y el origen del ser humano.
El neoconfucianismo se ramificó en dos escuelas. El ejemplo más famoso de una de esas escuelas fue Zhu Xi, un eminente pensador sólo superado en prestigio por Confucio y Mencio, que fijó una nueva base filosófica para las instrucciones del confucianismo estructurando la opinión erudita en un método congruente. Según el método neoconfuciano que representaba Zhu Xi, todos los objetos en la naturaleza están formados de dos energías inherentes: li, un comienzo inmaterial universal o ley, y ch’i, la sustancia de la que están producidas todas las cosas materiales. Mientras ch’i puede modificar y desintegrarse, li, la ley subyacente y nutrida de miríadas de cosas, se preserva perserverante e indestructible. Zhu Xi identifica el li en la humanidad con la naturaleza humana, que es en esencia la misma para todo el mundo. El fenómeno de las distinciones individuales puede asignarse a la diversidad de proporción y densidad del ch’i encontrado entre los individuos. De este modo, aquellos que reciben un ch’i que es oscuro encontrarán su naturaleza única oscurecida y tendrán que limpiar su naturaleza para reparar su pureza. La pureza puede alcanzarse ampliando el conocimiento propio del li en cada objeto concreto. Cuando, tras mucho esfuerzo, el li universal o ley natural inherente en todo objeto animado e inanimado, se obtiene la voluntad de la condición de sabio.
Opuesta a la escuela del li (ley) está la escuela de neoconfucianismo hsin (mente). El máximo ejemplo de la escuela hsin fue Wang Yang-ming, quien enseñó la unidad de conocimiento y de práctica. Su aseveración primordial fue que ‘además de la mente, ni ley ni objeto’ se conservan. En la mente, aseguraba, se encuentran personificadas todas las leyes de la naturaleza, y nada se conserva sin la mente. El esfuerzo supremo debería ser realizar ‘el conocimiento intuitivo’ de la mente, no a través del estudio o la pesquisa de la ley natural, sino mediante el razonamiento intenso y la meditación en calma.
A lo largo de la dinastía Qing (1644-1912) hubo una fuerte reacción a ambas escuelas de pensamiento neoconfucianas, li y hsin. Los eruditos Qing protegían una vuelta al primer y acaso más verdadero confucianismo de la fase de la dinastía Han, en el momento en que aún no pareció adulterado por las ideas taoístas y budistas. Desarrollaron una crítica textual de los clásicos confucianos inspirada en la metodología científica, usando la filología, la historia y la arqueología para reforzar su erudición. Asimismo, eruditos como Tai Chen introdujeron un punto de vista empirista en las teorías de la filosofía confuciana.
A finales del siglo XIX, la reacción contra la metafísica tomó un sentido diferente. En vez de limitarse a los estudios textuales, los eruditos tuvieron un interés activo en política y formularon programas de reforma inspirados en la doctrina confuciana. K’ang Yu-wei, un jefe del movimiento reformista confuciano, lideró un intento de exaltar la filosofía como una religión nacional. Debido quizá a las amenazas extranjeras a China y a la demanda inmediata de medidas políticas drásticas, los movimientos reformistas perderon; en la confusión intelectual que continuó a la Revolución China de 1911, el confucianismo fue tachado de decadente y reaccionario. Con el derrumbe de la monarquía y de la estructura familiar convencional, de la que se derivaba mucha de su energía y amparo, el confucianismo perdió su influencia en la nación. En el pasado, a menudo había ganado hacer frente a las adversidades y emerger con modernizada fuerza, sin embargo durante este periodo de cataclismo social inaudito, perdió su habilidad anterior para adaptarse a las circunstancias cambiantes.
En opinión de algunos especialistas, Confucio será venerado en el futuro como el gran maestro de China; los textos clásicos confucianos serán estudiados y las virtudes del confucianismo, personificadas para incontables concepciones en las máximas familiares y en la práctica del sentido común de la población china, persistirán como la piedra angular de la ética. Sin embargo, es dudoso que el confucianismo regrese a jugar el papel crucial en la vida política y fundaciones chinas tal como desempeñó en los siglos pasados. La conquista del comunismo chino de 1949 acentuó el inseguro futuro del confucianismo. Muchas tradiciones inspiradas en las instrucciones de Confucio fueron marginadas o proscritas. El sistema familiar, por ejemplo, muy reverenciado como una fundación central confuciana, perdió su relevancia. Se comunicaron muy pocos libros clásicos confucianos y a finales de la década de 1960 y comienzos de la de 1970 se preparó una campaña oficial contra el confucianismo.
