Ya durante el siglo XVI, en el momento en que se produjo la Reforma, e incluso de manera más indicada durante los siglos XVII y XVIII, se hizo notorio que el cristianismo se encontraba empujado a definirse ante el auge de la ciencia y la filosofía modernas. Este conflicto se hizo presente en todas las Iglesias, aunque de diferente modo. El hecho de que Galileo hubiera sido condenado por la Inquisición, imputado de herejía, encontró después su semejante en las controversias protestantes sobre las secuelas de la teoría de la evolución en el relato bíblico de la creación. El cristianismo, por lo general, igualmente actuaba a la defensiva frente a otros movimientos modernos. El método crítico histórico que se empleaba para estudiar la Biblia, y que había empezado a emplearse en el siglo XVII, parecía estar amenazando la autoridad de las Escrituras, por lo que se condenó el racionalismo del Siglo de las Luces por considerarse una fuente de contrariedad religiosa y de anticlericalismo. Considerando la relevancia que se concedía a la aptitud del hombre para determinar el destino de la humanidad, incluso la democracia podía ser condenada por la Iglesia. El incremento de la secularización de la sociedad hizo que la Iglesia perdiera el control de muchos aspectos de la vida cotidiana, como por ejemplo la educación.
Como resultado de esta situación, el cristianismo tuvo que redefinir su relación con el orden civil. La tolerancia religiosa para con los conjuntos religiosos minoritarios, y luego la gradual división entre la Iglesia y el Estado, representaron una separación con el método que, entre numerosos altibajos, había prevalecido desde la conversión de Constantino, y constituyó, conforme la opinión de los eruditos, el cambio de mayor alcance en la historia moderna del cristianismo. Llevada a una conclusión lógica, a muchos les pareció que implicaba tanto la reconsideración de cómo los distintos grupos y sus tradiciones que se hacían llamar cristianos estaban interconectadas. El estudio de la trascendencia de estos dos conflictos ha ejercido un papel muy relevante durante los siglos XIX y XX.
El movimiento ecuménico ha sido la organización que con más empeño ha procurado unir, o al menos llevar a una conformidad más estrecha, a grupos cristianos que han estado distanciados durante largos periodos. En el Concilio Vaticano II, la Iglesia católica dio importantes pasos en favor de conquistar un apaciguamiento tanto con la Iglesia de Oriente como con los protestantes. Del mismo modo, durante este concilio se reconoció por primera ocasión en un foro oficial lo positivo que era el genuino poder espiritual presente en otras religiones del mundo. El vínculo existente entre el cristianismo y el judaísmo representa un caso especial. Posteriormente a muchos siglos de hostilidad e incluso de persecuciones, ambas confesiones han realizado un esfuerzo por llegar a un entendimiento común, acercamiento que no se producía desde el siglo I.
La reacción que han tenido las iglesias ante su incorporación a un mundo más moderno y dinámico, igualmente ha producido la circunstancia sin precedentes que supone el incremento en el interés por los asuntos teológicos. Los teólogos protestantes Jonathan Edwards y Friedrich Schleiermacher y los pensadores católicos Blaise Pascal y John Henry Newman tomaron en sus manos la misión de reorientar las convencionales apologías de la fe, basándose en experiencias religiosas propias, como una forma de hacer válida la realidad de Dios. En el siglo XIX fue en el momento en que se realizaron más indagaciones históricas sobre el avance de las ideas e fundaciones cristianas. Este estudio acentuó que no había una modalidad en específico de doctrina o estructura eclesiástica que pudiera asegurar ser absoluta y última. Estos estudios igualmente sirvieron a otros teólogos para representar el mensaje de Cristo. A pesar de que la pesquisa literaria de los escrituras bíblicos era observada con mucho recelo por los más conservadores, sirvió para alcanzar nuevos datos sobre cómo se habían formado y juntado las diferentes partes de la Biblia. El estudio de la liturgia, junto con el reconocimiento de que las formas antiguas no siempre tenían sentido en la era moderna, estimuló la reforma del culto.
La relación ambivalente que existe entre la fe cristiana y la cultura moderna, que se hace notoria en todas estas tendencias, se reconoce igualmente en el papel que ha representado el cristianismo en la historia social y política. Encontramos a los cristianos divididos en las discusiones que tuvieron lugar a lo largo del siglo XIX a raíz del tema de la esclavitud, y las diferentes tendencias emplearon argumentos provenientes de la Biblia. El surgimiento de ideologías que favorecieron múltiples revoluciones políticas y sociales en los siglos XIX y XX tuvo su divulgación entre los conjuntos cristianos, normalmente tachados de reaccionarios, en especial bajo los regímenes de inspiración marxista del siglo XX. Pero, igualmente florecieron tendencias que buscaban conciliar el cristianismo con los cambios sociales, y en algunos casos la fe revolucionaria ha surgido de fuentes cristianas. Mohandas Karamchand Gandhi sostenía que actuaba en el espíritu de Jesucristo, y Martin Luther King fundamentó su mensaje y su programa político en el Sermón de la Montaña. Igualmente, han sido personalidades cristianas las encargadas de denunciar las grandes disparidades socioeconómicas existentes en específicas zonas del Tercer Mundo, costándoles la vida en varias ocasiones, como fue el caso de monseñor Romero en El Salvador.
A lo largo de los últimos 25 años del siglo XX, los movimientos misioneros de la Iglesia llevaron la fe cristiana por todo el mundo. La adaptación de las tradiciones nativas propone conflictos teológicos y de tradición, como, por ejemplo, conseguir que las tribus africanas polígamas adopten una estructura familiar cristiana y monógama.
