El aislamiento geográfico consiste en la separación de una población para una barrera geográfica, formando así las sub-poblaciones. La barrera geográfica puede ser un río, una montaña o un cañón, por ejemplo.
Las sub-poblaciones comienzan a sufrir diversas presiones y genes seleccionados y, en consecuencia, una de ellas será diferente de la otra. En virtud de la barrera geográfica, las dos subpoblaciones quedarán impedidas de cruzar y las diferencias entre ellas quedarán cada vez más acentuadas. Surgiendo así las subespecies.
Con el tiempo estas subespecies pueden quedar tan diferentes unas de otras que se hace imposible la reproducción entre ellas para generar nueva descendencia. Cuando eso sucede tenemos el aislamiento reproductivo y, consecuentemente, el surgimiento de nuevas especies.
El concepto de especie más aceptado corresponde al científico Ernst Mayr, que dice que la especie es un conjunto de poblaciones en que los individuos son capaces de cruzar y reproducirse, produciendo descendientes fértiles. El proceso que lleva al surgimiento de nuevas especies es denominado de especiación.
Cuando la especiación ocurre debido a un aislamiento geográfico, hablamos de especiación alopátrica.
Un ejemplo bien conocido de este tipo de especiación es el de los pinzones (aves paseriformes) de las Islas Galápagos. En las islas ocurren cerca de 14 especies de pinzones y cada una presenta un pico diferente, especializado a su tipo de alimentación. Se piensa que esas especies presentan un ancestro común y estos individuos migraron para las diferentes islas, aislándose e impidiendo el flujo génico.
