En un biotopo, cada conjunto de organismos de la misma especie, es decir, cada población, ocupa un espacio determinado (hábitat), mientras que cada individuo desarrolla su actividad en lugares más restringidos de ese hábitat (nicho ecológico).
Ilustremos las diferencias entre ambos conceptos con el siguiente ejemplo: en un mismo bosque, en la misma comunidad, podemos encontrar ratones, búhos y ciervos. Los búhos y los cuervos viven en los árboles y es ahí donde construyen sus niños mientras que los ratones viven en el suelo, excavando en él su escondrijo para ocultarse en caso de peligro y donde tienen sus crías. De este modo, los búhos y los cuervos comparten el mismo hábitat –los árboles– mientras que el hábitat de los ratones es el suelo. Sin embargo, mientras los búhos hacen sus nidos en los agujeros de los troncos de los árboles, los cuervos construyen los de ellos en las ramas. Esto quiere decir que, aunque las dos poblaciones de aves comparten el mismo hábitat, ellas utilizan nichos ecológicos distintos. De esta forma, ellas evitan disputas, porque exploran lugares específicos diferentes, viven y se desarrollan en distintas áreas.
Algunas especies se encuentran en una gran variedad de hábitats (poblaciones diferentes de esas especies pertenecen a comunidades diferentes que ocupan biotopos de diferentes características) aunque exista una que les resulta más favorable. Otras especies son más especializadas, lo que indica que sobreviven sólo en un solo hábitat.
Aunque dos especies distintas puedan compartir un mismo hábitat, nunca pueden compartir el mismo nicho ecológico. El nicho ecológico de una especie dentro de un ecosistema es dependiente de sus hábitos comportamentales y significa la manera exacta en que cada ser vivo encaja dentro de la comunidad.
