Los profundos cambios que surgieron en la Iglesia Católica fueron llevados, sin duda, antes de la aparición y la propagación del protestantismo. La reacción católica, comúnmente llamada Contrarreforma se guió por los grandes pontífices Paulo III, Julio III, Paulo IV, Pío V, Gregorio XIII y Sixto V. Además de la reorganización de muchas comunidades religiosas, nuevas órdenes fueron fundadas, entre ellas la Compañía de Jesús, o la Orden de los Jesuitas, cuyo fundador fue San Ignacio de Loyola, quien fue un luchador por la causa católica en uno de los momentos más críticos de la Iglesia Católica, que es durante la expansión luterana.
El Concilio de Trento fue convocado por el Papa Paulo III, a fin de fortalecer la unión de la Iglesia y reprimir los abusos acontecidos 1546 en la ciudad de Trento. En el Concilio tridentino los teólogos más famosos de la época elaboraron los decretos, que después fueron discutidos por los obispos en sesiones privadas. Interrumpido varias veces, el concilio duró 18 años y su trabajo únicamente terminó en 1562, cuando sus decisiones fueron solemnemente promulgadas en sesión pública.
Todo el conjunto de la doctrina católica se había examinado a la luz de las críticas de los protestantes. El Concilio de Trento condenó la doctrina protestante de la justificación por la fe, prohibió la intervención de los príncipes en los asuntos eclesiásticos y la acumulación de beneficios. Definió el pecado original y declaró, como texto bíblico auténtico, la traducción de San Jerónimo, llamada Vulgata. Se mantuvo los siete sacramentos, el celibato y la indisolubilidad del matrimonio, el culto a los santos y reliquias, la doctrina del purgatorio y las indulgencias, y se recomendó la creación de escuelas para la preparación de aquellos que querían unirse al clero, denominadas seminarios.
En el Concilio de Trento, a diferencia del anterior, se estableció la supremacía de los pontífices. Así, fue pedido a Pio IV que ratificase sus decisiones. Los primeros países en aceptar, sin condiciones, las resoluciones tridentinas fueron Portugal, España, Polonia y los Estados de Italia. Francia, agitada por las luchas entre católicos y protestantes, llevó más de medio siglo para aceptar oficialmente las normas y principios establecidos por el consejo, y fue el último país europeo en hacerlo.
