La región fue habitada por los indios hasta el final del siglo XV, cuando llegaron los españoles. Los movimientos de independencia se iniciaron solamente a partir del siglo XVIII. El año 1821 fue decisivo para la región dado que fue la fecha en la que se creó la Gran Colombia, que estaba compuesto por los actuales países, Venezuela, Colombia, Panamá y Ecuador, todos ellos conducidos por Simón Bolívar.
Poco a poco los países se estaban separando, hasta que en 1903 se convirtieron en cuatro países independientes. Durante casi un siglo, el poder en la Gran Colombia estuvo dividido entre los partidos conservador y liberal y su rivalidad desató una guerra civil.
En el año 1948, ocurrió el asesinato del líder liberal, que causó disturbios en Bogotá (el Bogotazo) que se propagaron por todo el país, dando como resultado miles de muertes. Con eso, tanto los liberales como los conservadores decidieron hacer un reparto del poder.
Sin embargo, los liberales ex combatientes instituirán las Fuerzas Armadas de Colombia (FARC) en 1964. En los años siguientes se fundaron otras organizaciones, tales como el Ejército de Liberación Nacional (ELN) y el Movimiento Revolucionario 19 de abril (M-19), que resultó en la expansión de la guerra civil. En los años 80, comenzó una vasta producción de cocaína. Colombia es actualmente responsable del 79% de la producción mundial de cocaína.