Las cianobacterias pertenecen al grupo de las Eubacterias siendo, por tanto, seres procariotas. Son autotróficas, ya que tienen capacidad de producir su propio alimento a través de la fotosíntesis. Para tal, poseen ciertos pigmentos similares a clorofila y ficobilinas (compuestos tetrapirrólicos lineales cromóforos) azules y rojas, estas últimas ejercen papel secundario en este proceso, pudiendo proveer a algunos de estos organismos un aspecto luminoso.
Se presentan en muchos diversos tamaños y formas: unicelulares, o aislados en colonias; o con las células dispuestas en filamentos. Generalmente están rodeadas por una cápsula gelatinosa. Aunque la mayoría se encuentran en agua dulce, podemos observarlas en ambientes marinos, suelo húmedo y asociadas a hongos, formando líquenes. Como son capaces de colonizar ambientes inhóspitos, pueden desempeñar el papel ecológico de especies pioneras.
Gracias a las células especiales llamadas heterocistos, algunas especies tienen papel de fijadoras de nitrógeno y pueden usarse en lugar de fertilizantes nitrogenados, como en el caso de las plantaciones de arroz.
En ambientes eutróficos, que son aquellos ricos en nutrientes, naturales o artificiales (principalmente fosfatos y nitratos), estos organismos pueden crecer incontroladamente. Así, puede cambiar la calidad del agua, causando la muerte de varios cuerpos bloqueando el paso de la luz del sol y, en casos de varias especies, liberar toxinas que pueden causar graves daños en el hígado (hepatotoxinas) y el sistema nervioso (neurotoxinas), si se ingiere. Teniendo en cuenta este aspecto, las floraciones de cianobacterias –como tales eventos son llamados – son vistas como un problema ambiental y de salud pública a gestionar debidamente.
