A pesar del pacto hecho entre España y Francia por el tratado de San Ildefonso (1796), Napoleón tenía que anexar a España para completar sus planes imperialistas, país sin el cual no alcanzaría el dominio absoluto de la zona del Mediterráneo ni podría abastecerse del algodón y lana necesarios para los fabricantes de tejidos franceses.
Para evitar la entrada de Napoleón en España, el ministro Godoy ofreció al emperador un acuerdo que supuso la invasión y la posterior división de Portugal, que se materializaría en 1807 con el Tratado de Fontainebleau. Un ejército francés penetró en Portugal, lo que obligó a la familia real a huir a Brasil. El plan era ventajoso para Francia, pero llevó a España a la ruina. Permitir el paso de las tropas francesas por España dio espacio para que las tropas del general francés Murat ocupasen el país. En España, el conflicto por el poder entre Carlos IV y su hijo Fernando había debilitado la monarquía. En marzo de 1808, ocurrió el motín de Aranjuez, por el que Fernando VII subió al trono. Napoleón aprovechó la oportunidad para materializar su propósito: con la intención de mediar entre padre e hijo por la sucesión al trono, convocó a ambos en Bayona, donde Fernando fue convencido a devolver el trono al padre, y este, a entregar el mando al emperador francés. Finalmente, el rey de Nápoles y hermano de Napoleón, José Bonaparte, asumió la autoridad en el territorio español, como rey José I.
El 2 de mayo de 1808, la población nativa de Madrid comenzaba a rebelarse, sublevándose en armas contra la Francia invasora. En junio de 1808, una corte aprobó el cambio de gobierno, sancionando a la Constitución que declaraba legítimo el reinado de José I, aunque en Madrid la Junta General del Principado de Asturias continuase gobernando en nombre del rey depuesto, Fernando VII.
A la Junta se aliaron Cantabria, Galicia y León, que en conjunto actuaron contra el poder francés solicitando la ayuda británica. Las tropas francesas fueron derrotadas en Bailén, lo que impidió su ataque desde Andalucía y se hizo evidente que el ejército imperial no era invencible. Preocupado por los acontecimientos, el propio Napoleón decidió presentarse en la lucha; estableció su sede en Vitoria y en diciembre pudo estar en Madrid. Los británicos estaban a favor de España y Portugal, enviando así un ejército bajo el mando de John Moore, a través de Portugal. Napoleón regresó a Francia y dejó la campaña en España a manos de Soult, imaginando que el territorio ya estaba controlado, pues había ocupado la región norte.
Pero la fuerza popular, organizada por líderes guerrilleros ocasionales – Juan Martín, el empecinado; Espoz y Mina; Julián Sánchez, el charro; y el sacerdote Jerónimo Merino – movido por un espíritu patriótico – opuso una feroz resistencia a los franceses. Contra esta corriente, hubo un pequeño grupo que apoyó la ocupación, recibiendo por eso el calificativo ‘afrancesados’, formado en la mayoría por miembros de la aristocracia ilustrada. En 1812, con el inicio de la campaña de Rusia, los franceses retiraron parte de sus fuerzas de la península. El ejército inglés aprovechó la situación para tomar Ciudad Rodrigo y Badajoz. En junio de 1812, los franceses fueron derrotados en Salamanca y un mes más tarde en Arapiles. En junio de 1813, los franceses tuvieron que retirarse a los Pirineos, después de sufrir derrotas en Victoria, el 21 de junio, y San Marcial en agosto.
El Tratado de Valençay, firmado en diciembre de 1813, puso fin a la guerra, y Fernando VII recuperó el trono español.
