En el año 794 la capital del Japón se desplazó oficialmente a Heian-kyo (hoy Kioto), donde se mantuvo hasta 1868. El periodo Heian engloba desde el 794 hasta el 1185, año en que concluyó la Guerra Gempei. Desde ese momento el periodo se organiza en Heian primitivo y Heian ulterior, siendo básica el año 894, fecha de renuncia de las embajadas imperiales de China. El próximo periodo toma el nombre de Fujiwara (866-1160), a la sazón la familia más poderosa del país, cuyos miembros administraban como regentes del emperador.

Como reacción ante la ascendente riqueza y poder del budismo organizado en Nara, el sacerdote Kukai (denominado póstumamente Kobo Daishi), viajó a China para estudiar el Shingon, una diversidad de budismo más severo, que introdujo en Japón en el 806. La base del culto Shingon son los mandala o diagramas del universo espiritual: el kongo-kai, o mapa de los incontables mundos del budismo, y el taizo-kai, o representación pictórica de los reinos del universo budista.

Los templos de esta nueva secta fueron levantados en las montañas, lejos de la corte y de la mundana capital. La irregularidad del terreno forzó a los arquitectos a volver a plantear la construcción de templos y, al hacerlo, eligieron elementos de ornamentación más autóctonos. En los tejados emplearon la corteza de ciprés en lugar de los azulejos, la tarima de madera sustituyó a los suelos de tierra y delante del santuario destacado se agregó una zona separada destinada al culto de los seglares.

El templo que mejor evidencia el espíritu de los santuarios Shingon del Heian primitivo es el Muro-ji (principios del siglo IX), escondido en un bosque de cipreses en una montaña al sureste de Nara. Allí, en una construcción secundaria, se encuentra una imagen peculiar de la escultura de la etapa, que simboliza a Shaka, el Buda histórico, con el grande cuerpo cubierto por los gruesos pliegues de su ropaje y una expresión de reserva en su cara.