En 1988, detonó una dificultad financiera que no hizo sino evidenciar la fractura social y política que se había ido abriendo en el país a lo largo de últimos años. Debido a las huelgas y a los copiosos enfrentamientos entre los partícipes, en su mayoría jóvenes, y las fuerzas de seguridad, Benyedid se decantó por comenzar una tímida reforma política con el propósito de asegurar el monopolio del FLN en la vida política del país. Reelegido en diciembre de ese año para un tercer periodo de cinco años, se aseguró la aprobación de una nueva Constitución en febrero de 1989, que se ratificó por referéndum, y mediante la que se aceptó el libre acceso de otros conjuntos a la escena política.
En las elecciones departamentales y municipales de 1990, los integristas del Frente Islámico de Salvación derrotaron al FLN por un amplio margen. En enero de 1992, tras haberse conmemorado la primera vuelta de las elecciones legislativas, en las que el FIS había quedado en primera posición, y ante el pavor de que los defensores de los fundamentos islámicos se hicieran con el control de la Asamblea, un conjunto de militares y empleados públicos ciudadanos forzaron a Benyedid a dimitir. Anularon la segunda vuelta, declararon el estado de emergencia, disolvieron el Parlamento y establecieron un denominado Comité Superior de Estado con Mohammed Budiaf como presidente. Esto precipitó el comienzo de un conflicto violento entre el gobierno y las fuerzas de seguridad, por un lado, y los extremistas islámicos, por otro.
Los islamistas pasaron así pues a hacer un brazo armado (el Ejército Islámico de Salvación, del que poco después surgiría una escisión mucho más agitada y siniestra, el Grupo Islámico Armado) que inició su campaña de atentados contra militares, oficiales, policías y sus familias, así como contra extranjeros, intelectuales y docentes, importantes mujeres ‘no islámicas’ y cualquiera que fuera sospechoso de tendencias prooccidentales o progubernamentales. El gobierno contestó con detenciones (y ejecuciones sumarias) de cualquiera que fuera sospechoso de estar involucrado con los islamistas.
Cuando Budiaf fue asesinado en junio de 1992, Alí Kafí fue nombrado para sustituirlo en la jefatura del Estado. Se fijó así pues una presidencia colectiva formada por cinco integrantes, conocida como el Consejo Supremo, con Kafí a su frente. En marzo de 1993 Argelia suspendió sus vínculos diplomáticos con Irán y Sudán, a los que acusó de secundar la violencia integrista. En enero de 1994, el Consejo Supremo nombró al ministro de Defensa, Liamín Zerual, presidente de Argelia durante una etapa interino de tres años, que se aguardaba condujera a nuevas elecciones multipartidistas, momento en el que sería reemplazado.
Antiguo diplomático y soldado de carrera que luchó por la independencia de Argelia desde Francia, Zerual dio un amplio margen para pactar con el Frente Islámico de Salvación y otros conjuntos islamistas. La violencia continuó durante 1994, y en octubre Zerual reconoció que había fallido en su intento por comenzar un coloquio constructivo con los militantes del FIS. La propuesta de paz (conocida como Plataforma de San Egidio, por ser en esta comunidad católica próxima a Roma donde se firmó) diseñada en enero de 1995 por varios conjuntos de disconformidad al régimen, incluido el FIS, fue rehusada por el gobierno. En noviembre de ese mismo año se conmemoraron elecciones presidenciales que dieron la conquista a Zerual, quien llevó a cabo tímidos cambios constitucionales que no dejaron complacida a gran parte de la población argelina.
Ejército y conjuntos armados integristas, como el Grupo Islámico Armado, el más revolucionario de todos ellos, siguieron proporcionados a una sangrienta guerra que ha provocado ya el fallecimiento a unas 100.000 personas. La violencia fue en especial cruenta desde los primeros meses de 1997, coincidiendo con el mes del Ramadán.
Las elecciones legislativas, conmemoradas el 5 de junio de ese año con el propósito de configurar la nueva asamblea integrada por 380 escaños, fueron ganadas por la Agrupación Nacional Democrática (RND), conjunto desarrollado en torno al presidente Zerual, que contó con el respaldo de varios conjuntos de ideología diferente. La disconformidad que intervino en los comicios (Frente de Liberación Nacional, Frente de Fuerzas Socialistas, Movimiento de la Sociedad por la Paz, Partido de los Trabajadores) denunció copiosas irregularidades, en tanto que el Frente Islámico de Salvación y el Movimiento por la Democracia en Argelia los boicotearon.
La proliferación de masacres de ciudadanos, atribuidas a los islamistas, durante el verano de 1997 provocó la publicación, por vez primera, de un llamamiento del FIS en el que se instaba a combatir contra el terrorismo, aunque de modo ambiguo. Por su parte, el EIS, brazo armado del FIS, emitió un comunicado en el que declaraba un alto el fuego definitivo a partir del 1 de octubre. Ese mismo mes se inició la campaña de las elecciones municipales y departamentales, salpicada de nuevas masacres.
En 1994, quien fuera hasta ese momento ministro de Defensa, el general Liamín Zerual, se volvió el jefe de Estado de Argelia. A lo largo de su gobierno, el Ejército y los conjuntos armados integristas siguieron proporcionados a una sangrienta guerra, iniciada dos años antes. La violencia fue en especial cruenta desde los primeros meses de 1997.
Con estos comicios, el régimen argelino procuraba clausurar el proceso de constitución de un nuevo sistema institucional puesto en marcha por Zerual tras su corroboración en el puesto dos años antes. De este modo, la reforma constitucional votada en referéndum en noviembre de 1996 y las legislativas de junio de 1997 quedaban completadas con la elección de puestos municipales y departamentales, que serían los responsables de denominar a los dos tercios de los integrantes del Consejo Nacional (cámara alta), en tanto que el tercio restante sería nombrado de manera directa por el presidente.
Pese a ello, la abstención fue la nota preponderante en los comicios, ganados por los partidos gubernamentales y cuyos resultados no fueron admitidos por la disconformidad, que sentenció boicotear la constitución de las asambleas locales y departamentales. En el mes de diciembre de 1997 y enero de 1998, coincidiendo de nuevo con el Ramadán, se produjeron nuevas masacres.
Las masacres se sucedieron a lo largo de 1998 y, en menor medida, en 1999, año en que se conmemoraron elecciones presidenciales tras que el presidente Zerual hubiera comunicado su renuncia de la jefatura del Estado en septiembre de 1998.
Los comicios, que tuvieron lugar el 15 de abril, se caracterizaron por la prohibición manifiesta de que se presentaran candidatos bajo las siglas del FIS y por la renuncia, en la última semana de la campaña, de los candidatos de la disconformidad, por lo que Abdelaziz Buteflika, el candidato oficialista, venció al ser el único contendiente en liza. La disconformidad denunció lo que consideró un fraude electoral intensivo y la elección de un presidente controlado por los militares. Por ello, rehusó los resultados y negó toda legitimidad al nuevo jefe del Estado, que tomó posesión del puesto el 26 de ese mismo mes.
El programa de apaciguamiento nacional promovido por Buteflika se plasmó en julio de 1999 con el indulto concedido a miles de islamistas y con la aprobación parlamentaria de la Ley de Concordia Civil, un mes tras que el Ejército Islámico de Salvación (EIS), brazo armado del FIS, comunicara el cese definitivo de sus acciones. El 16 de septiembre de ese año, un referéndum, en el que intervino el 85% de la población, dio la conquista al proyecto pacificador de Buteflika al aceptar dicha ley el 98,63% de los votantes.
En agosto de 2000 dimitió el primer ministro, Ahmed Benbitour, como consecuencia de las distinciones surgidas en cuestiones políticas y financieras con Buteflika. Éste designó jefe de gobierno a Alí Benflis, quien durante el mes próximo igualmente accedió al puesto de secretario general del FLN. En el intervalo del próximo año detonó una grave rebelión en la Kabilia, ante la cual el gobierno difundió una reforma constitucional que reconocía al bereber como “lengua nacional”. Esta medida no dejó satisfechos a los jefes de la rebelión, y la tensión se hizo de nuevo latente durante las elecciones legislativas del 30 de mayo de 2002. En estos comicios, que fueron boicoteados en dicha región, el FLN consiguió 199 escaños y, por consiguiente, la mayoría absoluta.
El 5 de mayo de 2003, Buteflika destituyó a Benflis y designó primer ministro a Ahmed Uyahia, jefe del partido Reagrupamiento Nacional Democrático. Esta situación sucedía tras agudizarse los conflictos entre el jefe de gobierno y el presidente en torno a cuestiones financieras (Benflis se exhibió reticente al programa de privatizaciones pretendido desde la presidencia) y a la cuestión de la Kabilia (en la que Benflis señaló una clara postura tendente al coloquio con los bereberes). El día 21 de ese mismo mes, un fuerte terremoto provocó millares de muertos y lastimados en Argel y otras ciudades próximas (muy especialmente, Boumerdas). Este suceso tuvo igualmente secuelas políticas, ya que en las poblaciones afectadas se produjeron copiosas quejas contra Buteflika, a cuyo nuevo ejecutivo se culpaba de no haber reaccionado con presteza en la disposición de ayuda inmediata para los damnificados.
En octubre de 2003, el FLN, que gozaba de mayoría en la Asamblea Popular Nacional, retiró a sus ministros del gobierno tras una larga enfrentamiento con el presidente. El FLN culpaba a Buteflika de pretender apartar a su jefe, Benflis, de las elecciones presidenciales que habrían de conmemorarse en abril de 2004. En febrero de este último año, Buteflika difundió que aspiraría a la reelección. Entretanto, los primordiales mandatarios de la minoría bereber declararon su propósito de boicotear los comicios. Finalmente, Buteflika recibió el 85% de los votos (Benflis, el 6%), garantizándose un nuevo mandato. Afrontó el mismo con la idea de ratificar por fin la pacificación del país, soterrando todo vestigio de la violencia que se había adueñado del Estado desde los comienzos de la anterior década. Para ello, promovió la denominada Carta para la Paz y la Reconciliación Nacional, que amnistiaría a islamistas revolucionarios que no hubieran perpetrado crímenes de especial gravedad, eximiría de responsabilidades a integrantes de las fuerzas de seguridad relacionados a la contención, e indemnizaría a las familias de las víctimas de esta última. Sometida a un referéndum popular el 29 de septiembre de 2005, dicha Carta recibió la aprobación de algo más del 97% de los votantes.
En mayo de 2006, tras dimitir Uyahia, Buteflika nombró primer ministro a Abdelaziz Beljadem, del FLN.
