El territorio que actualmente corresponde a Paraguay fue habitada por los pueblos indígenas formada por guaranís, guaycurúes y otros indios. En 1530, comenzó la colonización española creando el fuerte de Nuestra Señora de la Asunción (Asunción actual) como la fundación de la colonia en el siglo XVI.
La población indígena de Paraguay fue esclavizada durante el siglo XVII. Este hecho aumentó el rendimiento de las misiones jesuitas con el fin de proteger a los indios. Sin embargo, estas misiones fueron reprimidas con violencia por los colonos portugueses y españoles que masacraron a las comunidades indígenas.
Paraguay obtuvo su independencia el 15 de mayo de 1811, y comenzó un proceso de aislamiento de otras naciones sudamericanas. En septiembre de 1840, con la muerte del dictador José Gaspar Rodríguez Francia, en el poder desde 1814, el país fue gobernado por Carlos Antonio López, promoviendo un intenso proceso de industrialización e inversión en infraestructura. Un ejemplo de innovación fue la construcción del primer ferrocarril en América del Sur.
En 1862, Francisco Solano López, hijo de Carlos Antonio López, se convirtió en presidente de Paraguay. La nación ha alcanzado un alto grado de desarrollo económico y el logro de estatus como potencia regional en el continente.
Buscando ampliar su comercio, el país entró en guerra contra Brasil, Argentina y Uruguay, en busca de los territorios que tenían salida al mar. Este conflicto llegó a ser conocido como la Guerra del Paraguay, y se extendió durante el 1865 hasta el año 1870. Sin embargo, las consecuencias del conflicto para los paraguayos eran muy negativas, porque el país fue derrotado, con aproximadamente el 50% de su población muertos, graves daños y destrucción de la infraestructura, y las pérdidas territoriales. Todas estas consecuencias fueron perjudiciales para el desarrollo económico del país.
Otro conflicto que involucra a Paraguay fue la Guerra del Chaco (1932 – 1935), que se libró contra Bolivia por la disputa territorial en la región del Chaco Boreal desde que se descubrió petróleo en esta área. En ese momento, Paraguay salió victoriosa y ganó el 75% de la zona en disputa.
En 1936, los oficiales encabezados por Rafael Franco iniciaron la Revolución Febrerista, que llevó a cabo la reforma agraria y nacionalizó parte de la economía promoviendo una política populista. Pero en 1937, Franco fue derrocado por los liberales.
Entonces, Paraguay había sufrido varios golpes de estado y fue interrumpido en 1954 con la caída del presidente Federico Chávez, y la posesión del general Alfredo Stroessner. Con el apoyo del Partido Colorado, se instaló una dictadura en Paraguay, con la represión de las manifestaciones. Sólo en febrero de 1989 un golpe militar tomó el poder de Stroessner, quien se refugió en Brasil. El líder del golpe, Andrés Rodríguez, fue elegido presidente.
El ex-obispo Fernando Lugo en abril de 2008, se convirtió en presidente de Paraguay, con el 42,2% de los votos. A través de la coalición de partidos de la Alianza Patriótica para el Cambio (APC), que reunió a los partidos de la extrema izquierda y centro-derecha, terminó con la hegemonía del Partido Colorado, que gobernó el país durante 61 años.
En abril de 2009, la participación de Fernando Lugo en un escándalo de paternidad había creado una grave crisis política en el país.