Hubo reformadores de diferentes tendencias, como por ejemplo John Wycliffe, Jan Hus y Girolamo Savonarola, que se opusieron públicamente al relajamiento moral y la corrupción financiera que existían dentro de la Iglesia ‘en sus miembros y en sus mentes’; buscaban hacer un giro revolucionario de la situación. Paralelamente, se encontraban produciendo intensos cambios de tipo social y político, producto del despertar de la conciencia nacional y de la fuerza y relevancia cada vez mayores que iban adquiriendo las ciudades, en las que apareció con gran poder una nueva clase social sostenida por el comercio, los burgueses. La Reforma protestante (movimiento religioso) podría ser identificado como fruto de la convergencia de dichas fuerzas: un movimiento para introducir cambios dentro de la Iglesia, el ascenso del nacionalismo y el avance del ‘espíritu del capitalismo’.
El reformador Martín Lutero fue la figura catalizadora que aceleró el nuevo movimiento. Su combate personal por buscar la certeza religiosa lo condujo, en contra de sus anhelos, a cuestionar el método medieval de salvación, e incluso la propia autoridad de la Iglesia; su excomunión por el papa León X fue un paso hacia delante hacia la irreversible división del mundo cristiano en Occidente. El proceso tampoco se limitó a la Alemania de Lutero. Hubo movimientos reformistas en Suiza, que pronto encontraron el amparo y liderato de Ulrico Zuinglio y en especial de Juan Calvino, cuya obra Institutio christianae religionis se transformó en el más prominente compendio de la nueva teología. La Reforma inglesa, desencadenada por los conflictos personales del monarca Enrique VIII, evidenció la fuerte influencia que tenían los reformadores en Inglaterra. La Reforma en Inglaterra tomó su propia vía, preservando algunos elementos provenientes de la religión católica, como el episcopado histórico, con otros rasgos protestantes, como el reconocimiento de la única autoridad de la Biblia. El pensamiento de Calvino ayudó en Francia al avance de los hugonotes, conjunto de miembros que era reprimido con violencia tanto por la Iglesia como por el Estado, aunque al final consiguió ser admitido por el Edicto de Nantes en 1598 (revocado en 1685). Los grupos reformadores más extremistas, entre los que destacaban los anabaptistas, se pusieron en contra tanto de otros conjuntos protestantes como de Roma, negando prácticas tan antiguas como el bautismo infantil e incluso dogmas como el de la Santísima Trinidad; igualmente se encontraban en contra de la alianza entre Iglesia y Estado.
La confluencia de la Reforma religiosa con el creciente nacionalismo ayudó a determinar su éxito allí donde consiguió contar con el respaldo de los nuevos estados nacionales. Como consecuencia de estos vínculos, la Reforma ayudó a promover las lenguas vernáculas, en especial a través de traducciones de la Biblia, que contribuyeron a modelar la lengua y el espíritu nacional de los pueblos. Igualmente entregó un nuevo impulso a las predicaciones bíblicas y al culto en lengua vernácula, en la que se compusieron himnos nuevos. Dada la relevancia que se dio a que todos los devotos intervinieran en el culto y en las oraciones, la Reforma desarrolló métodos para dar lección y difundir la doctrina y la ética, presentados en forma de catecismos.
La Reforma protestante no fue suficiente para agotar el espíritu modernizador que existía dentro de la Iglesia católica. Como respuesta al desafío protestante, y en función de sus propias necesidades, la Iglesia convocó el Concilio de Trento, que se prolongó desde 1545 hasta 1563, año en que se consiguió dar una formulación definitiva a las doctrinas que se debatían, y de igual forma instituir reformas legislativas prácticas en relación a la liturgia, la administración de la Iglesia y la educación de la fe. La responsabilidad de llevar a cabo las decisiones tomadas en el Concilio recayó especialmente en la Compañía de Jesús, desarrollada por san Ignacio de Loyola. Considerando que estos cambios religiosos concordaron con el hallazgo del Nuevo Mundo, la circunstancia fue observada como una ocasión providencial para evangelizar a quienes jamás habían oído el comunicado evangélico. El hecho de que el Concilio de Trento no tomara en consideración ninguna de las propuestas de los reformistas y reafirmara las de la Iglesia católica tuvo el efecto de hacer de la división de la Iglesia algo estable.
Nuevas divisiones continuaron surgiendo en las iglesias. En un ámbito histórico, es probable que las más destacadas fueran las de la Iglesia de Inglaterra. Los puritanos se oponían a los ‘remanentes del papismo’ que existían aún en la vida litúrgica e institucional del anglicanismo, y presionaron para conquistar su eliminación total. Dada la unión anglicana entre la Corona y la Iglesia, este conflicto recibió, a medida que se fue desarrollando, secuelas políticas agitadas, que terminaron con el estallido de la Guerra Civil inglesa y la ejecución del monarca Carlos I en 1649. El puritanismo encontró su más completa expresión en Estados Unidos, tanto en el aspecto político como en el teológico. Los pietistas de las Iglesias calvinistas y luteranas de Europa seguían como un conjunto dentro de la organización, en lugar de desarrollar una Iglesia independiente. Pero en Estados Unidos el pietismo representó los puntos de vista y las perspectivas de futuro de muchos de los conjuntos acudidos de Europa. El pietismo europeo igualmente tuvo eco en Inglaterra, gracias a las doctrinas de John Wesley, autor del movimiento metodista.
