En la Baja Edad Media, entre los siglos XII y XV, había un fuerte movimiento cultural, que pone en cuestión el dominio intelectual que tuvo la iglesia católica sobre las personas. En cierto modo, esta efervescencia cultural de la época era debido a la creación de universidades en algunos centros urbanos. Los principales fueron: Bolonia, en 1158; París en 1200; Cambridge en 1209; Padua en 1222; Nápoles en 1224; Toulouse en 1229, entre otros.
El incentivo para la formación de estas universidades también surgió de la necesidad de formar nuevos profesionales, tanto para preparar el clero como para las funciones públicas, fomentando la formación de especialistas en derecho, o incluso en funciones de ayuda al crecimiento de nuevas formas de actividad económica surgidas con el renacimiento comercial.
Pero la pérdida de dominio religioso fue gradual, porque la iglesia no interesaba perder el monopolio sobre el conocimiento producido, lo que la llevó a tomar una decisión en el Concilio de Letrán en 1179, de ser la fuente de emisión de la concesión de la licencia docente (licencia docendi) a los que mostrasen capaces de ejecutar tal función. Además, las universidades mantenían una característica del periodo, relacionada al corporativismo, preservando algunos derechos como autonomía frente a poderes como los eclesiásticos, comunales o monárquicos, teniendo todavía la exención de impuestos y la dispensa de participación en los servicios militares de sus miembros.
El método de enseñanza se basó en la lectura (lectio) y la interpretación de los textos, seguido de los debates (disputatio) sobre los temas estudiados. Las universidades seguían la división del conocimiento en las siete artes, creadas durante la época carolingia, divididas en el trivium (gramática, lógica y retórica) y el quadrivium (aritmética, geografía, astronomía y música).
El contacto con las culturas bizantinas y grecorromanas fue importante para el desarrollo de las asignaturas cursadas, especialmente en derecho, ayudando en la estandarización de las normas de funcionamiento del Estado, que poco a poco salían del ámbito personal; en filosofía, con la escolástica y los esfuerzos para unir a la teología cristiana con el pensamiento aristotélico; y en la medicina, dejando de ser la depreciada arte mecánica una práctica pagana para ganar estatus científico, contribuyendo al conocimiento del cuerpo humano, principalmente con el uso de los estudios de anatomía y disecación de cuerpos.
Las universidades sirvieron todavía como campo de conquista del conocimiento de la burguesía, que venía siendo fortalecido. Los conocimientos enseñados en las universidades medievales eran de suma importancia para el desarrollo de la actividad económica burguesa, que condujo a esta clase social a luchar contra el monopolio del conocimiento detentado por la iglesia.
